Tiene un encuentro con Ignacio Allende y Juan Aldama y decide
unirse a ellos para llevar a cabo el movimiento de Independencia. En 1809 es descubierta la Conspiración de
Valladolid en la que Michelena participaba. Es hecho prisionero y
después liberado al argumentarse que en la reunión se planeaba la
protección de la Nueva España en caso de que Napoleón invadiera España.
Como una medida de precaución lo envían a España para servir al ejército
real en 1813, donde luchó contra los franceses. Vuelve a México al final de la Guerra de Independencia, se
adhiere al Plan de Casamata para lograr la abdicación de Iturbide. El
Congreso decide que un triuvirato se encargue del poder ejecutivo, pero
Michelena en realidad sustituye a los elegidos y maneja el gobierno
hasta 1824 que deja el poder en manos de Nicolás Bravo. Más tarde, en
1837, ocupará el puesto de secretario de Guerra y Marina. Un dato muy importante es que Michelena
introduce al país el rito yorkino de la masonería. José Mariano
Michelena fue uno de los pocos precursores de la Independencia
que pudieron ver su consumación y vivir en el México
independiente
